績效審計的原理與傳統審計的原理是相同的，都是搜集某一經濟活動及其相關陳述事項的數據，與既定標準相比較，將結論傳遞給有關各方的一個系統的過程。與傳統財務審計不同的是，績效審計沒有嚴格的審計準則可供遵循，其報告格式也多樣。它吸收了管理咨詢中專業分析的合理成分，同時嚴格保證審計人員的獨立性、客觀性和報告的技術要求。
績效審計在搜集和評價過程中除運用了財務審計中廣泛使用的審閱、觀察、計算、分析等技術和方法以外，更主要地運用了調查研究和統計分析技術。
調查是一種既簡單又復雜的工具，它可以用來調查事實，也可以用來調查對特定問題的看法。目前現存的調查種類有當面調查、電話調查和郵函調查。每一種調查方法都有其優點，也有不可避免的缺點，在績效審計過程中，一般要結合運用。調查方法易于操作，但準確性差，需要審計人員較多的判斷，所以，審計人員進行抽樣調查時，一般要保證一定的樣本量。
統計分析也是績效審計中用來了解狀況、進行分析的常用方法。在評價經濟性、效率性、效果性時，經常用統計分析的方法，分析其中各因素的影響、確定其中的因果關系或者找出存在的差距及原因。統計分析方法相對于調查來說。不易操作，要求審計人員具備一定的技術和能力，但準確性強，結論相對可靠。
除了調查和統計分析以外，績效審計中還要運用非統計抽樣分析技術、業務測試、量——本——利分析等方法。在實施績效審計中，審計人員要根據具體情況決定采用哪一種審計的技術和方法。不論審計人員決定采用什么技術和方法，都必須以保證審計報告的客觀性和公正性為原則。
績效審計的報告沒有統一的格式，報告的格式和內容因審計評價的對象、內容的不同而不同。一般來說審計報告的內容應包括被審計對象的一般情況、運用評價方法和得出的結論、建議等。上面介紹的美國會計總署關于聯邦政府向醫療衛生專業學生提供貸款和獎學金項目的效果性審計的報告中還包括了衛生、教育、社會福利部對審計結論的反應。值得注意的是，績效審計報告中的建議仍然是建議改進什么，而不是建議如何改進，因為后者是管理部門的責任，不是審計部門的責任。
